Το 2006 το ΕΚΒΜΜ διοργάνωσε συνδιάσκεψη με τίτλο «Παγκόσμια Πολιτιστική Κληρονομιά των χωρών της Νοτιοανατολικής Ευρώπης: Συνεργασία στην διαχείριση των πολιτιστικών μνημείων και τοπίων, στο πλαίσιο του Περιοδικού Ελέγχου για την Παγκόσμια Κληρονομιά της Ευρώπης». Την ίδια χρονιά πραγματοποιήθηκε η τρίτη συνδιάσκεψη των συντονιστών της UNESCO για τα μνημεία της Παγκόσμιας Κληρονομιάς, υπό την αιγίδα της UNESCO, με τίτλο «Βυζαντινά Μνημεία και Παγκόσμια Κληρονομιά-Δίκτυο για την ψηφιοποίηση μνημείων του Βυζαντινού Κόσμου και για τη δημιουργία χάρτας για την προστασία τους». Η συνδιάσκεψη πραγματοποιήθηκε στο αμφιθέατρο του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού στη Θεσσαλονίκη, στις 5 και 6 Νοεμβρίου 2006 και έλαβαν μέρος σ’ αυτήν εκπρόσωποι 20 χωρών (Αίγυπτος, Αλγερία, Αλβανία, Αρμενία, Βουλγαρία, Κροατία, Γεωργία, Ιταλία, Λίβανος, Λιβύη, Ρουμανία, Σερβία, Συρία, Τυνησία, Ιορδανία, Κύπρος, Π.Γ.Δ.Μ., Ρωσία, Τουρκία, Ελλάς) , της UNESCO και της Ευρωπαϊκής Ένωσης.Στόχος της συνδιάσκεψης ήταν η συζήτηση και συμφωνία των συμμετεχόντων για τη θέσπιση δικτύου επέμβασης σε μνημεία, η ενημέρωση των αρμοδίων εκπροσώπων που όρισαν οι φορείς για τον χειρισμό της βάσης δεδομένων «Μνημεία του Βυζαντινού Κόσμου», η παρουσίαση του προγράμματος ηλεκτρονικής καταγραφής «Άννα Κομνηνή», καθώς και η κατάρτιση Χάρτας επεμβάσεων σε Βυζαντινά μνημεία με βάση πρόταση του ΕΚΒΜΜ.