Σε συνεργασία με το Τμήμα Αρχαιοτήτων της Ιορδανίας, το ΕΚΒΜΜ, από το 2000 έως το 2003, στήριξε το πρόγραμμα συντήρησης των ψηφιδωτών δαπέδων της Μονής του Αγίου Λώτ προκειμένου να ολοκληρωθούν οι εργασίες και να αποδοθεί ο αρχαιολογικός χώρος στο κοινό. Κατόπιν ανέλαβε την ανασύνθεση και εκθεσιακή παρουσίαση αποσπασμένου τμήματος ψηφιδωτού δαπέδου της μονής στο παρακείμενο νέο μουσείο, το οποίο κατασκεύασε η κυβέρνηση της Ιορδανίας. Το μουσείο άνοιξε τις πόρτες του στο κοινό στις 17 Μαϊου του 2012.